Zasady kontroli realizacji wniosków na dopłaty unijne reguluje specjalne rozporządzenie (WE NR 1975/2006 z 7 grudnia 2006 r.). Termin, w którym można przeprowadzić kontrolę wykorzystania środków, jest uzależniony od daty dokonania płatności końcowej. Wynosi pięć lat. W takim okresie beneficjent może spodziewać się wizyty kontrolerów. Jak poinformowano nas w Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, inspektorzy każdego z oddziałów ARiMR przeprowadzają miesięcznie kilkaset kontroli wykorzystania środków unijnych.

Kontrole na miejscu przeprowadza się po to, aby sprawdzić i ewentualnie zweryfikować fakty stanowiące podstawę przyznania płatności, np. zakup maszyn czy urządzeń. Chodzi o potwierdzenie zgodności ze stanem faktycznym danych i informacji zawartych we wcześniejszych wnioskach o przydział środków pomocowych.

Kontroli na miejscu dokonują pracownicy ARiMR posiadający stosowne upoważnienia. Nie jest do tego potrzebne powiadomienie kontrolowanego rolnika o terminie przeprowadzenia czynności. Wszystkie działania związane z kontrolą na miejscu są jawne, odbywają się przy udziale beneficjenta lub jego pełnomocnika (musi posiadać pisemne upoważnienie beneficjenta).

Inspektorzy mają szerokie uprawnienia. W celu przeprowadzenia czynności kontrolnych mogą nie tylko wejść na teren danego gospodarstwa rolnego, ale również zażądać przedstawienia wszelkich informacji związanych z przedmiotem kontroli, przy czym czasem są to informacje pisemne, a czasem ustne. Beneficjent powinien umożliwić kontrolerom wgląd do dokumentów związanych z przedmiotem ich działań, a także jeśli jest to konieczne, pozwolić na sporządzenie z nich odpisów, wyciągów lub kopii (np. dokumenty poświadczające zakup konkretnych maszyn i urządzeń).

Kontrolerzy mają obowiązek dokładnie dokumentować efekty swojej wizyty w gospodarstwie. Nierzadko sporządzają dokumentację fotograficzną, czasem konieczne okazuje się pobieranie próbek do badań. Głównym rezultatem jest jednak stosowny protokół, zawierający ustalenia pokontrolne, w tym informacje o stwierdzonych w toku kontroli nieprawidłowościach.

Protokół sporządzany jest w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach, z których jeden przekazywany jest kontrolowanemu, a drugi załączany do dokumentacji związanej z realizowanym projektem.

W ciągu siedmiu dni od momentu, w którym kontrolowany beneficjent otrzymał protokół, może go podpisać i przekazać do ARiMR albo gdy nie zgadza się z ustaleniami zawartymi w nim, wnieść pisemne uwagi wraz z uzasadnieniem. Sporne kwestie podlegają następnie weryfikacji przez kontrolujących. Jeśli raport pokontrolny zostanie przez beneficjenta podpisany, nie ma już możliwości zgłaszania zastrzeżeń.